Len pár dní po biskupskej konsekrácii Mons. Rudolfa Baláža v marci 1990, inicioval nový banskobystrický diecézny biskup stretnutie so všetkými kňazmi diecézy, kde ako prioritu svojej biskupskej služby prezentoval túžbu obnoviť diecézny seminár. Významným dňom sa stal 15. jún 1990, vtedy Mons. Rudolf Baláž zriadil v zmysle platných predpisov Kódexu kánonického práva kňazský seminár, ktorého patrónom sa stal svätý František Xaverský. Svoje poslanie začal plniť 1. júla 1990 v dočasných priestoroch hradu v Slovenskej Ľupči.

Za rektora obnoveného diecézneho seminára bol vymenovaný generálny vikár a dekan banskobystrického dekanátu Tomáš Galis. Vyučovanie v priestoroch hradu prebiehala počas výstavby novej budovy kňazského seminára v Badíne, teda v rokoch 1990 až 1993. Dňa 18. septembra 1990 sa slávnostnou svätou omšou  v novozriadenom Kňazskom seminári sv. Františka Xaverského začal akademický rok  1990/1991. Od tohto času sa neodmysliteľnou súčasťou seminárneho života v Slovenskej Ľupči a neskôr aj v Badíne stali sestry Kongregácie božského Vykupiteľa, známejšie pod menom sestry vykupiteľky.