Po vyjadrení úmyslu obnovenia diecézneho seminára v roku 1990 sa živo diskutovalo o mieste, kde by mal nový seminár stáť. Čestný kanonik Anton Zárevucký, ktorý bol v tom čase farárom v Badíne, ponúkol na výstavbu nového seminára farskú záhradu v Badíne. Na jeseň roku 1990 sa rozhodlo, že nový seminár bude stáť práve na tomto mieste. Dňa 1. mája 1991 bolo vydané stavebné povolenie na výstavbu nového seminára. V ten istý deň na sviatok svätého Jozefa robotní­ka posvätil banskobystrický diecézny biskup Mons. Rudolf Baláž základný kameň a pozemok stavby. Na sláv­nostnej posviacke sa zúčastnil apoš­tolský nuncius Giovanni Coppa, všet­ci slovenskí biskupi, zástupcovia štátnej i regionálnej správy, ako aj veriaci z celej diecézy. Tento deň bol súčasne aj dňom začatia výstavby novej budovy kňazského seminára.

Seminár bol postupne vybudovaný ako celok s pozdĺž­nou a priečnou osou, ktorá prechádza od hlavného vstupu cez centrálnu halu a na východnej stra­ne je ukončená kostolom. Seminárny kostol predstavuje kompozičné vyvrcholenie architekto­nického diela a vyjadruje myšlien­kové i duchovné poslanie stavby. Stavba rástla pomerne rýchlo, najmä na prelome rokov 1992 a 1993, pretože akademický rok 1993/1994 sa mal začať už v priestoroch nového seminára.

Deň posviacky novej budovy Kňazského seminára svätého Františka Xaverského v Badíne pre asi 80 bohoslovcov nastal 4. októbra 1993. Rektorom kňazského seminára  v novej budove naďalej zostal Tomáš Galis, ktorý svoju funkciu zastával až do 28. augusta 1999, keď bol pápežom Jánom Pavlom II. vymenovaný za banskobystrického pomocného biskupa. Novým rektorom kňazského seminára bol od 1. septembra 1999 diecéznym biskupom vymenovaný Vojtech Nepšinský, dovtedajší dekan a farár vo  Zvolene. V poradí tretím rektorom obnoveného seminára sa stal po prvýkrát aj jeho absolvent. S platnosťou od 1. júla 2010 túto funkciu zastáva ThLic Ján Viglaš, pred vymenovaním za rektora farár v Sielnici.

Azda najvýznamnejšou udalosťou zo života kňazského seminára bola návšteva dnes už svätého pápeža Jána Pavla II., ktorý dňa 12. septembra 2003 prišiel na pastoračnú návštevu Banskobystrickej diecézy. Pápež Ján Pavol II. zavŕšil návštevu našej diecézy pobytom v kňazskom seminári a stretnutím s bohoslovcami, diakonmi i pedagogickým zborom v seminárnom kostole. Pri tejto príležitosti požehnal oltárnu mozaiku, ktorej autorom je páter Marko Ivan Rupnik SJ. Tieto historické chvíle nám pripomína pamätná izba, v ktorej bol sv. Ján Pavol II. v čase návštevy nakrátko ubytovaný.

Banskobystrický diecézny seminár už dvesto rokov vychováva kňazov – hlásateľov evanjelia a viery v stredoslovenskom regióne. Obnovený seminár pripravuje a vzdeláva už 25 rokov duchovných otcov a učiteľov viery, ktorí šíria nábožnosť a vzdelanosť vo veriacom ľude. V priebehu prvých 20 rokov existencie kňazského seminára v Badíne, opustilo jeho brány a vyštudovalo pre pastoračnú službu Banskobystrickej diecézy 150 diecéznych kňazov.